아이온은 천계와 마계의 극한 대립, 그리고 이들 모두를 위협하는 용족과의 무한 전투를 그린 작품입니다.
아트레이아는 상하 대칭형으로 천계와 마계 그리고 주위를 둘러싸고 있는 이공간(異空間)으로 구성되어 있습니다. 태초에 아트레이아는 영원의 탑을 중심으로 구성된 하나의 세계였으나 아트레이아 최초의 피조물이었던 용족이 점차 강대해진 힘으로 오만해져 창조주에 대항하고, 아트레이아 자체를 위협하는 존재로 변하게 됩니다.
이에 창조주는 세상의 근간인 영원의 탑을 지키기 위해 12주신을 세상에 보내 용족에게 대항합니다.
하지만, 어느 쪽도 우세를 갖지 못한 체 지속된 기나긴 전쟁의 끝에 아이온 · 영원의 탑이 분열되면서, 용족은 결계 밖으로 쫒겨나게 되고, 아트레이아는 다시는 소통할 수 없는 두 세계로 갈라지게 됩니다. 갈라진 두 세계는 천계와 마계로 나뉘게 되고, 이들은 각각 수호하는 이상(理想)과 종족의 생존을 위해 상대 진영의 남은 탑을 파괴해야 하는 숙명(宿命)을 안고 극한 대립의 상황에 놓이게 됩니다. 이 사이에서 끊임없이 두 종족 존재를 위협하는 용족의 존재는 천족과 마족 그리고 용족간 무한 전투가 계속되는 원인이 되고 있습니다.
한편, 영원의 탑 분열로 세상의 에너지 흐름이 불안정해지며, 어비스(Abyss)라고 불리는 이공간(異空間)이 생성되었습니다. 어비스는 대파국 이후 생겨난 양쪽 세계 사이의 불가사의한 통로로써, 어비스가 열리면서 천계와 마계는 오랫동안 증폭된 증오를 서로에게 쏟아 붓기 시작하고, 용족의 재 출현은 과거 대 전쟁이 다시 재현됨을 알리게 됩니다. 또한 생존을 위해 어비스를 지배해야만 하는 천족과 마족 앞에는 감춰졌던 진실이 하나씩 드러나기 시작합니다. 이제 천계와 마계에서 인간으로 태어나는 플레이어들은 스스로 선택 받은 존재임을 증명함으로써 데바가 되어, 자신이 받드는 상급 신들의 수호자와 대변자로써의 사명을 다하고, 자신을 숭배하는 일반 주민들의 보호자 역할을 하게 됩니다. 최종족으로는 자신이 속한 세계의 영원한 생존을 위협하는 상대 진영을 격파하여 세계를 구원하는 세계 최고 신이 되는 것을 목적으로 합니다.